1 września 1939 r. żołnierze polscy ścięli lipki, ponieważ rosły w pobliżu polskich linii obronnych otaczających miasto. Drewniany krzyż przeniesiono wówczas pod bramę kościoła św. Stanisława i postawiono przy zewnętrznym murze ogrodzenia na betonowej płycie, która istnieje do dzisiaj. Zaniedbany, niekonserwowany krzyż spróchniał i rozpadł się kilka lat po wojnie.

Z inicjatywy kilku osób – urzeczonych pięknem tego wzgórza – rozpoczęto prace mające na celu postawienie nowego krzyża na Trzech Lipkach. Miał on być widzialnym znakiem naszej wiary u zarania II Tysiąclecia. Projektanci z firmy Albis nawiązali do symboliki krzyża papieskiego, wieńczącego pastorał Jana Pawła II.
Budowa rozpoczęła się w październiku 2001 r. od wywiercenia czterech studni na głębokość 7 metrów, o średnicy 1000 m, gdzie zatopiono stal i beton w ilości 80 m3. Prace konstrukcyjne wykonała firma PATENTUS.
Sam krzyż waży 17000 kg, ma 40 m wysokości, został podniesiony z ziemi 26 listopada 2001 r. w pierwszym roku III Millenium. Poświęcony został przez ks. bpa Tadeusza Rakoczego w dniu 20 kwietnia 2002 r.

W 2004 r. bielski artysta Jacek Grabowski wykonał płaskorzeźbę Matki Bożej Nieustającej Pomocy, która została poświęcona w dniu Jej święta 27 czerwca, w pobliskim klasztorze Sióstr Redemptorystek i umieszczona w cokole krzyża.

Ze wzgórza Trzech Lipek można podziwiać wspaniałą panoramę po Tatry – od południa i po jezioro Goczałkowickie – od strony północnej.
To także miejsce zadumy i kontemplacji, gdzie bliski jest kontakt z pięknem przyrody przedziwnego wzgórza, smaganego wiatrem, u którego stóp rozciąga się nasze miasto.