W czasie wojny 13 września 1939 roku została zniszczona przez Niemców, podobnie jak synagoga w Białej. W czasie wojny wszystkich Żydów usunięto z lepszych mieszkań. W lecie 1941 roku utworzono getto, które zostało zlikwidowane w czerwcu 1942 roku. Żydów wywieziono do obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau.
Synagoga w Bielsku stanowiła jeden z najpiękniejsych budynków w mieście – orientalny charakter otoczony zielenią zachwycał każdego z przejeżdzających, gdyż synagoga mieściła się tuż przy głównej alterii Bielska. Synangoga posiadała dwie wieże, attykę, neoromańskie okna oraz elewację z czerwonąo– żółtej cegły.
Obecnie na jej miejscu stoi Biuro Wystaw Artystycznych. Jedyną pamiątką pozostawioną po niej jest tablica pamiątkowa, która stoi na miejscu dawnej synagogi.
